کارآفرینی با تمام مزایا و جذابیت هایش ، پیچ و خم هایی دارد که عدم تسلط به عبور از آن ها می تواند قدرترین کسب و کارها را از پای در آورد. موانع و مشکلاتی که با شرایط اقتصادی و بالا و پایین شدن قیمت ارز و صدها مولفه ی دیگر خود به تنهایی می تواند نه تنها انگیزه ی کارآفرین شدن را در شروع کسب و کارها از بین ببرد، بلکه می تواند بسیاری از کارآفرینان قدر را نیز از ادامه ی فعالیت های کارآفرینانه باز دارد.
اما آنچه مسلم است ، این است که کشورهایی که به دنبال پرورش کارآفرین و تقویت فعالیت های کارآفرینانه هستند و علاقه مند به بهبود شرایط اقتصادی کشورهایشان هستند، باید هرچه جدی تر درصدد برداشتن موانع کارآفرینی باشند. از بروکراسی های پیچیده اداری گرفته تا ده ها و شاید صدها موانع خرد و بزرگ دیگر که می تواند انگیزه فرد کارآفرین را کم رنگ و او را از مسیر کارآفرینی خارج نماید. لزوم تقویت انگیزه های کارآفرینی در کارآفرینان جوان یکی از مهم ترین مولفه های پیشرفت فعالیت های کارآفرینانه بالاخص در اقتصادهای در حال توسعه است.
در یک سیستم درست و رو به رشد در تمام مبادی تربیتی از مهد تا مدرسه و حتی در نظام عالی آموزشی آن ، کارآفرینی به عنوان یک ارزش همواره مورد توجه قرار می گیرد. حمایت از کارآفرینان و فعالیت های کارآفرینانه همچون یک معادله ی دو سر سود است که دولت ها و جوامع می توانند از آن بهره مند شوند. در اقتصادهای در حال توسعه ای همچون ایران، انگیزه فرد کارآفرین باید به قدری قوی باشد که بر موانع قانونی و فرآیندهای پیچیده اداری غلبه کند.
نبود وجود آموزش های مناسب در عرصه کارآفرینی همگام با دنیا و همچنین کاربردی نبودن علوم و عدم تطبیق آن ها با آموزش های روز، قابل تامل و توجه است. خلای نبود سیاست های کلان برای حمایت دولت از کارآفرینان و تخصیص منابع لازم به این گروه لطمه بزرگی به گسترش امر کارآفرینی در جامعه خواهد زد.
استفاده ناصحیح از افراد غیرمتخصص و انتخاب و گزینش نیروی انسانی در رشته های غیرمرتبط از ضعف مدیریت انسانی در کشور است. حاکم بودن روابط به جای ضوابط در اختصاص منابع مالی به پروژه های کارآفرینی به علت عدم رعایت قانون و نظارت ناکافی از مجموعه دلایلی است که باعث می شود، بودجه های اقتصادی کشور بدرستی به سمت کارآفرینی هدایت نشود.
با علم به همه این موضوعات، باید بپذیریم که کشور ما با وجود همه تلاشهایی که طی چند سال اخیر برای گسترش کارآفرینی صورت گرفته، هنوز فاصله زیادی با چشم اندازهای تبیین شده وجود دارد. به همین دلیل هم بسیاری از پروژه های بزرگ کارآفرینی و کسب و کارهای نوپا یا ورشکستگی را در همان ابتدای راه تجربه می کنند و یا نیمه کاره رها می شوند.
یکی ازموانع کارآفرینی میل به ثبات و عدم همراهی فرد کارآفرین نسبت به تغییرات محیطی است. پایبندی افراد به امنیت شغلی و عوامل اقتصادی، درست در مقابل کارآفرینی قرار گرفته است. با عنایت به اینکه کارآفرینی نیاز به پویایی، تلاش و ریسک پذیری دارد، تعارض ایجاد شده کاملا قابل لمس است. البته با وجود تلاطم های اقتصادی کشورمان و غیرقابل پیش بینی بودن شرایط اقتصادی حال حاضر و به تبع آن بسیاری از شاخص های دیگر فرد را محافظه کار کرده و با توجه به بستر اقتصادی موجود فرد از فعالیت های کارآفرینانه اجتناب می نماید.
ضعف کار تیمی به خصوص در ایران که بسیار مشهود تر است، تاکید بر تفاوت ها و کم رنگ کردن نقاط قوت، عدم از خود گذشتگی و عدم اعتماد واگذاری کار به سایر افراد نیز در تضاد با پیشرفت کارآفرینان قرار دارد. نظام ناکارآمد بوروکراتیک بسیاری از سازمان های دولتی و الزام انجام فرآیندهای پیچیده اداری که باعث کاهش انرژی و اتلاف وقت افراد می گردد و باعث از بین رفتن انگیزه های کارآفرینی در افراد می شود. ناکارآمدی مدیران و عدم ثبات حضور مدیران در پست ها باعث سردرگمی مراجعین و هر چه سخت تر شدن این فرآیند می شود و این مورد یکی از عوامل مهمی است که کارآفرینان را دلسرد می کند.