شرکت‌های دانش‌بنیان نیازمند حمایت های همه جانبه در حوزه های مختلف هستند تا بتوانند نقش‌آفرینی بیشتری در تولید و اشتغال آفرینی داشته باشند . در این خصوص اگر اطلاعات کافی از مشکلات فراروی شرکت‌های دانش‌بنیان داشته باشیم ، فرصتی برای پیش‌بینی راهکارهای اعتلای علمی و اقتصادی کشور فراهم خواهد شد. به گفته فعالان این حوزه نبود امکانات زیرساختی ، مشکلات بانکی و سردرگمی شرکت‌های دانش‌بنیان در پیچ و تاب بروکراسی اداری از مهم ترین معضلات این شرکت‌ها به شمار می‌رود.همچنین برای توسعه شرکت‌های دانش بنیان نیازمند انجام کارهای ریشه‌دار و اساسی هستیم.
با تمام حمایت ها و مصوبه های قانونی که در راستای حمایت از شرکت های دانش بنیان در سال جاری ابلاغ گردید ، اما هنوز مشکلات و معضلات بسیاری پیش روی شرکت های دانش بنیان وجود دارد. افزون بر افزایش تعداد شرکت‌های دانش‌بنیان، نتایج و دستاوردهای این شرکت‌ها و نتایج حاصل از کارآفرینی و ایجاد تحول در حرکت‌های علمی نیز برای کشور از اهمیت بسیاری برخوردار است .
بی تردید شرکت‌های دانش‌بنیان، عامل ایجاد اقتصاد دانشی پایدار و توسعه دانش بومی، در بسیاری از کشورها می‌باشند و با توجه به شرایط اقتصادی حال حاضر، شرکت های دانش بنیان یکی از راه حل های قطعی برای حل این مشکلات هستند. اما متاسفانه این موسسه ها در ایران مطابق با چشم‌انداز بیست ساله کشور، بعضا در وضعیت مطلوبی قرار نداشته و با مشکلات بسیاری دست و پنجه نرم می کنند.
در این زمینه هنگامی که پای درد و دل نخبگان کشور می نشینیم ، می بینیم که متأسفانه به رغم دغدغه‌های به حق ، عملکرد مناسبی را در تحقق شعارها نداشته ایم. این در حالی است که این موقعیت طلایی ، به وضوح توسط بسیاری از کشورهای توسعه یافته درک شده و سفره های رنگین پهن شده شان پیش روی نخبگان کشور تایید کننده ی این امر است.
تا جایی که برخی از این کشورها در جدیدترین اقدامات خود در جهت جذب نیروهای متخصص ما، ویزای طلایی بلندمدت را تصویب کرده‌اند و این ویزا را به دو صورت پنج ساله و ده ساله صادر می‌کنند و به دانشجویان نخبه، سرمایه گذاران و کارآفرینان اجازه اقامت در کشورشان را می‌دهند. واقعه ای غم انگیز که به نظر می رسد در سال های اخیر به صورت هدفمند روند افزایشی به خود گرفته است. هیچ مسئول و هیچ نهادی نمی تواند از کنار این اتفاق تلخ بی تفاوت عبور کند، چرا که خروج هر نخبه از کشور، حجم بسیار زیادی از سرمایه‌های دانشی کشورمان که درطی ده‌ها سال با صرف هزینه‌های زیادی به دست آمده است، از دست می دهیم.
اثرگذاری و نقش‌آفرینی شرکت های دانش‌بنیان و اکوسیستم فناوری کشور در گرو ارزش‌آفرینی از طریق رسوخ فناوری در صنعت، تمرکز بر مسائل ملی و در نهایت توسعه صادرات است که این موضوع بدون همراهی هوشمندانه دستگاه‌ها، وزارتخانه‌ها و سازمان‌های مرتبط و از همه مهم تر، مشارکت فعالانه بخش خصوصی به وقوع نخواهد پیوست. امروز چهارهزار و هفتصد شرکت دانش بنیان در حال فعالیت هستند که نیاز به حمایت بخش‌های مختلف از جمله مجلس برای تامین مالی و سرمایه گذاری دارند. شرکت‌های دانش بنیان برای اجرای قراردادهای خود احتیاج به ضمانت نامه دارند که آن از طریق صندوق‌های حمایتی تخصصی ارائه می‌شود. ولی متاسفانه برخی از دستگاه ها از پذیرش این ضمانت‌نامه‌ها امتناع می‌کنند . موضوعی که به پیگیری مراجع قانونی نیاز دارد.
در حالیکه تمام دنیا سعی می کنند ، هیچ مشکل و معضلی پیش پای نخبگانش قرار نگیرد و آن ها دغدغه ای جز علم و رسیدن به اهدافشان را به دوش نکشند . شرکت های دانش بنیان و نخبه ی ایرانی با انبوهی از مشکلات ریز و درشت دست به گریبانند. از ارتباط با سازمان تأمین اجتماعی، ادارات مالیاتی، عدم حمایت دولت در خرید محصولات دانش بنیان، عدم ثبات در به کارگیری نیروهای متخصص و خروج بی رویه نیروهای فناور از کشور، قراردادهای یکطرفه و ظالمانه سازمان‌ها با شرکت‌های دانش بنیان، مقررات پیچیده گمرکی، عدم پذیرش ضمانت نامه‌های صندوق‌های حمایتی در مناقصات و قراردادها، عدم پرداخت مطالبات شرکت‌ها توسط سازمان‌های دولتی و ده‌ها مورد دیگر اشاره کرد.
در بسیاری از موارد، به علت عدم وجود مدیریت مرکزی قوی برای برآورد توانایی طرح ها و محاسبات اقتصادی هر ایده، بسیاری از طرح ها هرگز وارد چرخه ی تجاری سازی نمی شوند. اما اگر بخواهیم مشکلات پیش روی شرکت های دانش بنیان را دسته بندی نماییم، یکسری از شاخص ها بطور مستقیم بر عملکرد شرکت‌های دانش‌بنیان تأثیرگذارند. این معضلات از محدودیت دسترسی به تجهیزات مرغوب، ابزار خاص پژوهشی و آزمایشگاهی، قطعات و مواد اولیه مورد نیاز را شامل می شود تا نوسانات نرخ ارز، تورم و بی‌ثباتی‌های اقتصادی، عدم امکان برنامه ریزی و غیرقابل پیش‌بینی بودن آینده که همه و همه ذره ذره لیوان ظرفیتی جوان نخبه ی کشور را پر می کند و به جای آنکه تمام نیرو و حواس او را بر روی هدف علمی اش متمرکز نماید، گرفتار حاشیه می نماید. اما گروه دیگری از مشکلات پیش رو ، به صورت غیرمستقیم و به علت مشکلات ساختاری ادارات و نهادهای تصمیم گیرنده است. از کاهش بودجه‌های پژوهشی و محدود شدن حمایت‌های دولتی گرفته تا بالا بودن نرخ بهره وام‌های بانکی ، مالیات و … که البته باید به آن مشکلات متعدد فروش و بازاریابی و … را با توجه به شرایط تحریم ها و مشکلات پیش روی صادرات محصولات دانش بنیان را نیز اضافه کرد.
باید اذعان داشت ، اگر تقویت اقتصاد دانش بنیان بصورت جدی در دستور کار دولت است، نیاز به ساز و کاری دقیق برای بررسی و حل و فصل مشکلات شرکت‌های دانش‌بنیان داریم و باید با توجه به نیازهای این شرکت ها، سیاست‌هایی در پیش گرفته شود که این موانع هر چه سریع تر مرتفع گردد.
